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微生物基因组学研讨

 

 

概述

 

    微生物基因组测序可为两品种型:微生物基因组重新测序和微生物基因组重测序。微生物基因组重新测序是指不必要任何现有的序列材料就可以对某个微生物物种举行测序,使用生物信息学剖析手腕对序列举行拼装,从而取得该微生物物种的基因组图谱。微生物基因组重测序是对基因组序列已知的微生物物种举行基因组测序,并在个别或群体程度举行差别性剖析的办法;该办法还可以检测全基因组的稀有变异。

 


研讨内容

 

 对全新的微生物物种举行测序,取得精密图/完成图

 对基因组已知的微生物物种举行基因组重测序,取得精密图/完成图

 经过全基因组测序取得基因簇的完备序列

 基因展望、功效正文和比力基因组学(SNP、InDel、Pan-genome)剖析

 多种基因展望软件(glimmer 3.02,Genemark 和 Z-Curve program)和转录组信息联合,确保基因展望的正确性

 多种基因功效数据库(KEGG,NR和UNIPORT)相联合,确保基因功效和代谢途径重修的完备性

 


技能特点

 

 创新办理方案 1+1>2:PacBio RS II平台+ NGS平台,充实发扬第三代测序技能长读长和第二代测序后果的高掩盖度的上风,混淆使用PacBio和NGS测序平台,高效取得细菌基因组完成图序列

 针对高GC的细菌(如链霉菌、结核分枝杆菌等),可轻松取得高掩盖度和高质量的基因组序列

 更美满正确的拼装后果,增加或不必举行Gap Closing事情,高效疾速取得基因组的完成图

 全基因组完成图的序列准确度>99.99%

 高质量的生物信息学剖析,满意根本和深度生物学剖析

 


技能道路

 

 

 


生物信息剖析

 

 


乐成案例

 

 乐成使用PacBio RS II超长片断测序拼装取得细菌基因组全序列,借助Solexa短片断高掩盖率测序对整个基因组举行正确性评价和校正,失掉准确度高达99.999%的基因组完成图

 使用454 GS FLX体系,已完成162种细菌/古细菌(0.8-10Mb)的全基因组测序

 使用Solexa体系,已完成338种细菌(包罗30余株结核分枝杆菌)的精密图测序事情

 已完成子囊菌和担子菌等差别亚门的90多个真菌(25-70Mb)的全基因组测序